根据本课程内容的组成、模块顺序及内容间的相互联系，教学内容的组织分为3个阶段进行：
理论教学阶段：由理论课和实验课组成，以理论教学为主，完成教学计划的全部学时。课堂教学旨在使学生掌握牧草与饲料作物育种的基本概念、基本原理、基本方法，了解和掌握本领域发展动态和学术前沿，培养学生创新思维能力，注重拓宽学生的知识面和开阔视野。实验课单独开设，与课堂教学同步进行。实验内容注重研究创新实验，调整验证性实验，使研究创新实验内容占实验学时的50%以上；创新实验包括牧草与饲料作物各种变异材料的创造与利用、细胞工程和基因工程操作技术等内容，注重学生操作技能和发现问题、分析问题及解决问题能力的培养。此阶段采用蒙、汉两种语言授课，重在“夯实基础”。汉文班采用汉语单语授课，逐步增加英语授课，实现英、汉双语授课。蒙文班采用蒙、汉双语授课，以提高蒙古族学生的专业汉语水平，满足自治区对掌握蒙、汉双语专业人才的需求，拓宽民族学生就业和深造的范围。
实践教学阶段：在理论课和实验课结束后，牧草与饲料作物生长旺季集中进行教学实习，作为独立教学单元组织，不占用理论教学学时，在校内教学基地完成，为期2周。此阶段教学旨在使理论与实践相结合，重在“提高能力”。通过老师讲解、示范与学生实际操作，进一步提高学生学好本门课程的自觉性和主动性，增强学生的感性认识，加深并巩固学生对课堂理论教学的理解。同时，设置一定数量的综合性、设计性内容，培养学生从事相关领域科学研究的基本素质和技能。学生在老师的指导下独立完成实验所涉及的内容，并提交实习报告。通过实习报告和实习中的表现考查学生掌握知识的系统性和运用能力。
创新实践阶段：第六学期末至第七学期开学前（6月底至8月底）和第八学期（3月上旬至6月上旬）在校内外多个基地同时分散进行，累计6个月。结合专业综合实习和毕业论文进行，由课程组教师提出实践和论文内容方向，学生根据个人兴趣和发展方向自由选择，人数由课程组根据学生选题结果确定，每年不固定。选题后由指导教师结合课程组教师的科研项目，指导学生参与科研部分内容，学生独立完成设计、实施和结果分析等全部过程，最后完成毕业论文，教师对学生参加实践的全过程进行一对一的指导和监控。此阶段重在“因材施教”，提高学生动手能力和解决实际问题的能力，培养应用与研究创新相结合的复合型专业人才，同时为进一步的研究生教育奠定基础。
